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한 장관과 검찰 측은 헌법 제12조3항의 ‘영장신청권’을 근거로 검사의 수사권이 헌법상 권한이라고 주장했다. 헌법이 검사의 권한을 직접 명시하지는 않지만 “체포·구속·압수 또는 수색을 할 때에는 적법한 절차에 따라 검사의 신청에 의하여 법관이 발부한 영장을 제시해야 한다”는 이 조항에 따라 검사의 수사권이 도출된다는 것이다.
그러나 법정의견을 낸 유남석·이석태·김기영·문형배·이미선 재판관은 “수사권은 검사의 헌법상 권한이 아니다”라며 “수사권과 소추권이 행정부 중 어느 ‘특정 국가기관’에 전속적으로 부여된 것으로 해석할 헌법상 근거는 없다”고 밝혔다.
헌재는 행정부 내에서 수사권을 어떻게 구체적으로 조정·배분할 것인지는 ‘입법사항’이고, 헌법이 수사권을 행정부 내의 특정 국가기관에 독점적·배타적으로 부여한 것이 아님은 이미 헌재가 여러차례 결정한 바 있다고 했다. 법무부·검찰 소속 검사뿐 아니라 고위공직자범죄수사처나 경찰, 해양경찰, 군검사, 군사경찰, 특별검사 등 행정부 내에 다양한 검사들이 존재하며 이들에게 수사권이 부여된다는 점도 근거로 들었다.
헌재는 헌법의 영장신청권 조항에 대해 ‘수사과정에서 남용될 수 있는 강제수사를 법률전문가인 검사가 합리적으로 통제하기 위한 규정이지 검사에게 수사권을 부여하는 규정이 아니다’라고 판단했다. 헌재는 한걸음 더 나아가 “직접 수사권을 행사하는 수사기관이 자신의 수사대상에 대한 영장신청 여부를 스스로 결정하도록 하는 것은 객관성을 담보하기 어려운 구조라는 점도 부인하기 어렵다”고 했다. 영장신청권을 가진 검사가 직접 수사권을 행사하는 것이 오히려 문제인 점이 있다는 취지이다. 또 개정법이 검사의 영장신청권은 아무런 제한을 하지 않아 검사의 헌법상 권한이 침해될 가능성이 없다고 했다.
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