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정부가 올 연말로 일몰 예정이었던 톤세제의 적용기한을 5년 연장한다.
다만 일부 선박에 대한 톤세율은 20년 만에 인상하기로 했다.
 
톤세제는 해운기업의 경쟁력 유지를 위해 도입한 특별세제로 실제 영업상 이익이 아닌 선박의 순톤수와 운항 일수를 기준으로 산출한 선박표준이익을 법인세 과표로 부과하는 제도다.
 
기획재정부는 25일 '2024년 세법개정안'을 발표하고 오는 12월31일 일몰되는 톤세 적용기한을 오는 2029년 12월 31일까지로 연장한다고 밝혔다.
 내년 1월1일 이후 개시하는 사업연도분부터 적용한다.
 
다만 톤세율은 높이기로 했다.
 기준 선박과 기준 선박이 아닌 선박(용선)에 대한 운항일 이익을 차등 적용해 기준 선박이 아닌 선박에 대해서는 30% 인상한다.
기존에는 모든 선박에 동일한 운항일 이익을 적용했었다.
정부는 개정 이유에 대해 경쟁 해운국과 대등한 조세환경을 조성해 국내 해운산업의 국제 경쟁력을 강화하기 위함이라고 설명했다.
인상을 통해 선사가 직·간접적으로 보유하는 국적 선박의 확충을 유도해 국내 선박 건조를 확대할 수 있을 것이라고도 했다.
주요국들은 대부분 톤세제를 적용한다.
 한국해양수산개발원(KMI)에 따르면 경제협력개발기구(OECD) 38개국 가운데 23개국이 톤세를 시행하고 있거나 도입을 추진 중이다.
주요 해운국 가운데 일몰제를 통해 일시적으로 톤세제를 적용하는 나라는 한국과 일본뿐이다.
 한국은 2005년부터 톤세제를 도입했고 이후 세 차례 연장했다.
 
이번 인상으로 세 부담은 크게 늘어나지는 않을 것이라는 게 해수부의 설명이다.
해수부 관계자는 "우리나라의 톤세 단위당 세율 수준은 국제 평균 수준과 비슷해 세 부담은 크지 않을 것"이라며 "최근 해수부가 발주한 연구 용역에서도 독일, 프랑스, 노르웨이 등 국가와 비슷하다는 결론이 나왔다"고 전했다.
 
해운 업계는 이번 정부 개정을 일단 환영하는 분위기다.
 한국해운협회 관계자는 "다른 나라처럼 (톤세제가) 영구적으로 도입하면 좋지만일단 당장으로서는 연장되는 것만 해도 환영한다"고 밝혔다.
 
해운업계는 그동안 지속적으로 톤세제를 영구 도입할 것을 요구해왔다.
톤세제는 해운기업의 납세액 예측에 따른 경영 안정화를 비롯해 톤세 절감액을 통한 재투자를 시행해 경쟁력을 확보할 수 있기 때문이다.
정부 역시 세수를 안정적으로 거둘 수 있다는 장점이 있다.